O Governo Federal, em 14 de maio de 2009, editou o Decreto n. 6848, modificando o art. 31 do Decreto n. 4340/2002 e incluindo neste diploma os arts. 31-A e 31-B. No entanto, o novo regulamento deixou de observar a inconstitucionalidade, declarada pelo STF, do critério fornecido pela Lei n. 9985/2000 para o cálculo da compensação ambiental. Passou, então, novamente, a determinar a apuração da compensação ambiental a partir de um percentual sobre a base de cálculo formada pelos custos do empreendimento. Veja-se a nova redação do art. 31-A do Decreto n. 4340/2002.
Os termos utilizados pelo Decreto são diferentes dos empregados pela norma anterior, porém, apresentam o mesmo significado. O valor de referência corresponde ao custo total do empreendimento, e grau de impacto dos ecossistemas é o antigo grau de impacto ambiental. Desse modo, o critério é o mesmo: aplicação de percentual sobre base de cálculo, a qual se define pelo custo de implantação do empreendimento. O que mudou foi o estabelecimento de um teto: o que era mínimo passou a ser máximo. Assim, para Erika Bechara (2009, p. 257), a regra para apuração da compensação ambiental prevista no Decreto n. 6848/2009 é tão inconstitucional quanto à disposta no § 1º do art. 36 da Lei n. 9985/2000. A crítica de José Marcos Domingues e Júlia Silva Araújo Carneiro (2010, p. 240) segue a mesma linha: [...] o Decreto em questão apenas dissimulou os critérios julgados inconstitucionais pelo Supremo, através de subterfúgios, ignorando, assim, a imposição da fixação do montante dos recursos a serem destinados pelo empreendedor em consonância com o impacto ambiental negativo que possa ser gerado por seu empreendimento

 considerou inconstitucional o art. 15, o qual dispõe que será admitido o cômputo das Áreas de Preservação Permanente no cálculo do percentual da reserva legal do imóvel.
Em relação ao tema da Área de Preservação Permanente, declararam-se constitucionais por maioria: o artigo 5°, §§ 1° e 2°, que trata da obrigação que o empreendedor possui, ao implantar reservatórios de água artificial, de servidão administrativa em APP’s criadas em seu entorno; o artigo 15, que admite o cômputo das APP’s no cálculo do percentual da Reserva Legal e o artigo 61-A, que autoriza algumas atividades nas APP’s em áreas rurais consolidadas até junho de 2008; o artigo 61-B, que coloca limites aos percentuais exigidos para recomposição das APP’s aos proprietários que até julho de 2008 possuíam ate dez módulos fiscais e desenvolviam atividades agrossilvipastoris.O Tribunal declarou constitucional por unanimidade o artigo 8°, § 2°, que trata das hipóteses em que a supressão da vegetação nativa em APP poderá ocorrer. O artigo 62, que delimita a área da APP como a distância entre o nível máximo operativo normal e a cota máxima para os reservatórios artificiais de água destinados a geração de energia ou abastecimento público, foi confirmado como válido, também, por unanimidade.

As questões relativas à Reserva Legal também foram bem discutidas pelo Supremo. Os ministros declararam constitucionais os dipositivos que reduziam o percentual da reserva legal (art. 12, §§ 4° e 5°) e os que descontituem a obrigação de alguns tipos de empreendimentos em constituir a Reserva Legal (artigo 12, §§ 6°, 7° e 8°). Também foi mantido o artigo 13, § 1°, que trata da possibilidade do empreendedor que mantiver a Reserva Legal de instituir a servidão ambiental sobre as áreas excedentes. Do mesmo modo, a constitucionalidade do artigo 17, caput e §3°, foi confirmada. Esse dispositivo prevê que a vegetação nativa da reserva legal deve ser conservada e a suspensão de qualquer atividade nessa área incompatível com os deveres de conservação. Os demais artigos que cuidam da compensação das áreas de Reserva Legal também foram declarados constitucionais.

Apenas dois dos 56 artigos impugnados tiveram algumas expressões de seu texto declaradas inconstitucionais. Um deles foi o artigo 3° em seu inciso VIII, alínea b, que agora não autoriza mais a realização de atividades esportivas e de gestão de resíduos em APP’s. O outro foi o parágrafo único do artigo 3°. Entendeu-se que o tratamento diferenciado que a norma dá à recuperação das áreas desmatadas para terras indígenas não poderia ficar restrito àquelas “demarcadas” e “tituladas”. Portanto, as expressões foram declaradas inconstitucionais e o texto passa a viger sem elas.

Interpretação conforme à Constituição foi aplicada aos seguintes dispositivos: artigo 3°, inciso VIII e IX, interpretado no sentido de utilizar as APP’s apenas quando não existirem outras alternativas técnicas e/ou locacionais às atividades propostas; artigo 3°, inciso XVII, que classifica os entornos como APP’s; o artigo 4°, inciso IV, que classifica as nascentes e olhos d`água como áreas de preservação ambiental e o artigo 48, § 2°, que reduz a compensação apenas entre áreas com identidades ecológicas.

Cármen Lúcia também julgou inconstitucional a autorização de intervenção ou supressão de vegetação em APPs em outras circunstâncias, como em caso de instalações para realização de competições esportivas, sejam estaduais, nacionais ou internacionais.
 Supremo Tribunal Federal confirmou a constitucionalidade do programa de regularização ambiental na forma em que disciplinado pelo Código Florestal.


Houve ainda a declaração de inconstitucionalidade de dispositivos relativos ao entorno de nascentes e olhos d’água intermitentes. Foi atribuída interpretação conforme a Constituição Federal à norma para que essas áreas sejam consideradas de proteção permanente e de preservação ambiental.

Outro ponto da abordado pelo STF foi com relação à intervenção excepcional em Áreas de Preservação Permanente. Nesse caso, foram reduzidas as hipóteses de intervenção previstas na lei. Ficou determinado que a intervenção por interesse social ou utilidade pública fica condicionado à inexistência de alternativa técnica ou locacional à atividade proposta. Foi reduzindo também o rol de casos de utilidade pública previstos, de forma a excluir a hipótese de obras voltadas à gestão de resíduos e vinculadas à realização de competições esportivas.

Ainda em relação ao artigo 4°, foi declarada, pela maioria, a constitucionalidade do seu parágrafo primeiro, que retira a exigência de APP no entorno de reservatórios artificiais de água que não decorram de barramento de cursos de água naturais, e do paragráfo quarto, que dispensa a reserva na faixa de proteção em acumulações naturais ou artificiais de água com superficie inferior a um hectare.