É que o próprio STF entendeu que é possível fazer o controle de constitucionalidade de norma de regimento interno quando o dispositivo possuir caráter normativo e autônomo, criando efetivamente um direito. Numa situação como esta, o controle pode ser, inclusive, através de ADI.

Vejam o importante precedente do STF sobre a questão:

“AÇÃO DIRETA DE INCONSTITUCIONALIDADE. ART. 147, § 5º, DO REGIMENTO INTERNO DA ASSEMBLEIA LEGISLATIVA DO ESTADO DE GOIÁS. PAGAMENTO DE REMUNERAÇÃO AOS PARLAMENTARES EM RAZÃO DA CONVOCAÇÃO DE SESSÃO EXTRAORDINÁRIA. AFRONTA AOS ARTS. 39, § 4º, E 57, § 7º, DA CONSTITUIÇÃO FEDERAL, QUE VEDAM O PAGAMENTO DE PARCELA INDENIZATÓRIA EM VIRTUDE DESSA CONVOCAÇÃO. AÇÃO JULGADA PROCEDENTE. I – O art. 57, § 7º, do Texto Constitucional veda o pagamento de parcela indenizatória aos parlamentares em razão de convocação extraordinária. Essa norma é de reprodução obrigatória pelos Estados-membros por força do art. 27, § 2º, da Carta Magna. II – A Constituição é expressa, no art. 39, § 4º, ao vedar o acréscimo de qualquer gratificação, adicional, abono, prêmio, verba de representação ou outra espécie remuneratória ao subsídio percebido pelos parlamentares. III – Ação direta julgada procedente.
(ADI 4587, Relator(a):  Min. RICARDO LEWANDOWSKI, Tribunal Pleno, julgado em 22/05/2014, PROCESSO ELETRÔNICO DJe-117 DIVULG 17-06-2014 PUBLIC 18-06-2014)”

Notem que, no caso, o controle de constitucionalidade teve como objeto exatamente uma norma de regimento interno de Assembleia Legislativa que criava o direito ao recebimento de remuneração extra por participação em sessão extraordinária.

Vejam que nesta situação o STF considerou a normatividade e autonomia do dispositivo do regimento interno, fugindo à ideia geral de ato interna corporis, o que permitiu o controle de constitucionalidade do dispositivo.

http://www.eduardorgoncalves.com.br/2018/03/controle-de-constitucionalidade-de.html